Master akademske studije predstavljaju drugi stepen studija, koje je moguće upisati nakon stečene diplome osnovnih studija. Završetkom ovih studija student stiče zvanje mastera i dodatnih 60 odnosno 120 ESPB u zavisnosti da li se radi o jednogodišnjem ili dvogodišnjem master programu. Student master studija može da pohađa na fakultetu na kojem je završio osnovne studije ili da se opredeli za program na nekom drugom, srodnom fakultetu. Ukoliko želi da promeni fakultet, student će, u nekim slučajevima, biti u obavezi da položi razliku predmeta, ako je to predviđeno uslovima konkursa na master studije.

Program akademskog savetovanja Beogradske otvorene škole ima za cilj da informiše zainteresovane studente o dostupnim master programima na različitim univerzitetima širom sveta. Kao lokalna administrativna jedinica Centralno-evropskog univerziteta BOŠ administrira stipendije ove institucije i pomaže zainteresovanim kandidatima u toku procesa prijave na neki od 39 različitih master programa. BOŠ povezuje zainteresovane studente sa alumnistima programa kako bi mogli da dobiju relevantne informacije, predstavlja program stipendija na fakultetima i sajmovima obrazovanja, održava individualne konsultacije sa zainteresovanim studentima, organizuje pripremne sesije za primljene studente.

Program Akademskog savetovanja bavio se i administriranjem programa jednogodišnjih poslediplomskih studija na Univerzitetima u Velikoj Britaniji - Oksfordu, Kambridžu i Univerzitetskom koledžu u Londonu - u okviru različitih odeljenja u sferi društvenih i humanističkih nauka - Social Sciences and Humanities, izuzev studija menadžmenta. Ovi programi trenutno nisu dostupni za centralno-istočni deo Evrope.