Doktorske studije predstavljaju treći, najviši stepen studija koje je moguće upisati nakon stečene diplome master studija. Završetkom ovih studija, student stiče zvanje doktora nauka i dodatnih 180 ESPB. Obavezan kriterijum prilikom prijave na doktorske studije u Srbiji je poznavanje jednog svetskog jezika.

Program Akademskog savetovanja Beogradske otvorene škole administrira programe doktorskih studija koji postoje u okviru Centralno-evropskog univerziteta. Pored ovoga, Beogradska otvorena škola u saradnji sa Fondacijom za otvoreno društvo (Open Society Foundation - OSF) svake godine raspisuje konkurs za Civil Society Scholar Awards u okviru Programa podrške namenjenom doktorantima, članovima akademske zajednice i zaposlenima u visokoškolskim institucijama. Program podstiče međunarodnu akademsku mobilnost, kako bi se doktorantima, članovima akademske zajednice i zaposlenima u visokoškolskim institucijama omogućio pristup sredstvima neophodnim za njihov dalji profesionalni razvoj. Ovaj konkurs podržava inovativne projekte koji obogaćuju istraživanje, olakšavaju razmenu ideja i pomažu da se uspostave i izgrade međunarodne mreže.   

Zahvaljujući aktivnostima u okviru programa akademskog savetovanja, koji se odnose na promovisanje programa doktorskih studija i usavršavanja do sada je više od 200 studenata i doktoranata dobilo priliku da upiše doktorske studije u inostranstvu, odnosno finansijska sredstva za istraživačke projekte.